체코슬로바키아는 1948 년 10 월 21 일에 조선민주주의인민공화국과 외교 관계를 수립하였다. 1950 년 전쟁 중인 북한에 도착한 공관 직원들은 평양에서 처음 몇 달간 대부분의 시간을 대피소에서 보내야 했으며, 이후 거처를 중국 국경 지역으로 옮긴 후 전선의 상황에 따라 계속해서 이동하였다. 당시 북한에는 4 명의 공관 직원만이 남았는데, 이들은 기본적으로 모든 것이 부족 상황에 직면해야 했다. 인사이동도 잦았으며, 공관 업무도 일시적으로 베이징 주재 공관에서 대신 처리하였다. 1951 년 6 월부터 1955 년까지 공관은 (평양에서 25 킬로미터 떨어진) 마람에 있었다. 그러다 1954 년 공사관이 대사관으로 승격되었고, 1955 년에 다시 수도로 복귀하였다.

1950 년대 체코슬로바키아 공화국과 조선민주주의인민공화국 정부 간의 핵심 소통은 대부분 북한 주재 체코슬로바키아 공관을 통하여 이루어졌다. 공관 직원들은 일반적인 업무 외에도 북한 고아원의 실태 확인과 같은 임무도 수행하였다. 외교 전문에 따르면 대사관은 중립국감독위원회, 병원과 마찬가지로 북한 측의 비협조와 불신 문제에 자주 직면하였으며, 이는 점차 양국 관계에도 영향을 미치게 되었다.

카렐대학교 한국학과 학자들도 북한에 파견되었다. 예를 들어 야로슬라프 바르진카(1931–2020)는 1956 년부터 1959 년까지 북한에서 유학하였는데, 그동안 대사관 상무부에서 번역가로 활동하였다. 로우비츠코바, 부레쇼바, 리보르 페츨은 중립국감독위원회에서 통역관으로 근무하였으며, 페츨은 이후 대사관에서 외교관으로도 근무하였다. 블라디미르 푸첵은 청진 병원의 통역관으로 파견되어 1955 년 1 월부터 1956 년 3 월까지 근무하였으며, 이후 요세프 슈람이 그의 후임으로 부임하였다. 푸첵은 다시 북한으로 돌아가 1958 년 11 월부터 1962 년 9 월까지 대사관 상무부에서 야로슬라프 바르진카의 후임으로 근무하였다.

프라하 주재 북한 대사관은 1951 년에 설립되었으며, 초대 공사는 성대한 환영을 받았다. 대사관은 주로 대표 기능을 수행하였으나 체코슬로바키아 내 한국인 아이들과 학생의 교육을 감독하고 협정 범위를 넘는 다양한 요구 사항을 제시하기도 하였다. 1956 년에는 북한 지도자 김일성이 동유럽 순방 중 체코슬로바키아를 방문하였고, 3 년 후에는 안토닌 노보트니 대통령이 북한을 국빈 방문하였다.